形态
外形：外形与灰仓鼠相似。体形短而粗壮，四肢短小。吻短而具颊囊。耳形圆。尾短，尾基明显粗大，尾端变细，整个尾呈明显的楔形。
毛色：体背黄褐色带灰，老年个体黄色较重，幼年个体灰色较显著。有些个体背毛前后色比较一致，有些个体头背后方颜色较灰，而向后背黄褐色渐浓重。体被毛柔软，背毛毛基灰黑色，约占整个毛长的2/3以上，毛尖端黄褐色，在针毛间杂有纯黑色长毛。耳背黑灰色，基部色较浅，呈黄褐色。耳基前缘具一簇白色毛。腹面毛白色，腹中央毛基淡灰色，向体侧越来越深。颈、喉颊为纯白色，有些个体胸部具黄褐色小斑块。背腹毛界线分明，腰部白色腹毛从两侧向上突入，使背腹分界成波浪状，不平直。尾毛两色，上面同背毛，但色稍浅，腹面白色，尾基两侧臀部与背同色。四肢后背方毛色与背相同，但前肢背方色稍浅于体背或几呈白色，四肢腹面白色。足掌裸露，背面白色。
头骨：头骨整体粗壮。鼻骨较短，鼻骨的前部较宽，后端较窄。从鼻骨后缘，自额骨前缘，颌骨内侧向鼻骨方向凹陷，成纵向浅沟，老年个体尤为明显。在颧弓从颌骨颧突处明显外突，颧宽较大，颧弓发达，但颧骨部分细弱。两眼眶间平滑，无眶上嵴。顶骨外前角向前突呈略尖的三角形。顶间骨较狭窄，左右宽相当前后间距的4—5倍，前中央稍前突呈三角形。枕骨向后略突，在枕部中央及两侧形成3个泡状隆起。脑颅圆形，人字嵴，矢状嵴较明显，枕骨髁较靠后突出。
门齿孔短而窄，位于齿隙中部，相当齿隙长的1/2左右。门齿孔后缘距第1臼齿前缘连线较远，翼间孔不到第3臼齿的后缘。听泡发达、隆起。下颌粗壮，冠状突粗大而长。
牙齿：上臼齿第1枚最大，前端稍窄，具3对齿突，第2枚呈近方形，具2对齿突。第3对臼齿前宽后窄，前一对齿突略向外倾斜，后一对外侧齿尖小而低。下颌齿上颌齿相似，但左右相对的齿不在一个平行线上，内侧者靠前，外侧者靠后。第3枚下臼齿第2排内侧齿突低小，使第3枚臼齿略呈三角形。

鉴别特征 体形与体色同灰仓鼠相同，而比灰仓鼠略大。四肢短小，体形短粗。尾基部粗大，尾长略大于后足长。体侧背腹的毛色分界明显，呈波浪状。

生物学资料 栖息于荒漠草原地区，沿荒漠地带和弃荒地带进入森林草原、各种洼地、河谷阶地、岸边以及农田周围的草原和灌草丛中，如芨芨草丛，锦鸡儿丛和白刺灌丛。喜干旱的生境而回避潮湿的地方。夜行性鼠类，大都自黄昏以后开始活动，直到拂晓为止。活动能力强，活动范围大，半径可达200m左右。常与沙鼠、毛足鼠等鼠混居，性较凶猛，常常袭击和侵占其他鼠类等洞穴。
短尾仓鼠自己的洞穴比较简单，洞口常隐蔽在灌丛中或矮小灌木下，洞穴分散。洞道距地面较近，分叉少，有巢室和仓库之分，但往往只是一条通道而已。仓库多位于洞道的末端，略微膨大。因常侵占其他鼠类洞穴，所以有时还在其他鼠洞口捕得短尾仓鼠。以植物性食料为主，包括草籽、茎、叶等部分。也吃动物性食物。野外工作中，常常发现捕获的野鼠被短尾仓鼠啃吃损坏的情况。甚至在与长爪沙鼠、黑线仓鼠等混居一笼时，将其他鼠咬死而食其肉。自然界中主要以昆虫作为动物食料。入冬前有储粮的习性。中亚地区，从10月起开始冬眠，国内冬眠时间则略晚。
短尾仓鼠种群数量不很大，在各生境中，密度均不高，并非优势种类。内蒙古四子王旗的调查，短尾仓鼠约占当地捕鼠总数的2%—5%，铗日捕获率为1%，占夜间活动鼠类的1/3。新疆北部铗日捕获率为2%。短尾仓鼠繁殖力较强，每年繁殖3次，每次产仔4一6只。繁殖季节以春夏季为主，内蒙古的繁殖期为5—10月。新疆地区5月底，6月初可见到孕鼠6月下旬可见到具子宫斑的雌鼠。

该种为古北界荒漠草原种类。分布西起俄罗斯伏尔加河，向东经哈萨克斯坦至蒙古的中东部和我国内蒙古中部，大约在集宁至二连浩特一线，东经48°一115°北纬38°—55°。分布区域狭长。

国内分布包括内蒙古乌兰察布盟、巴彦淳尔盟、伊克昭盟和阿拉善盟的荒漠草原和宁夏北部，甘肃河西走廊及新疆的北部。

经济意义 短尾仓鼠由于数量不大，危害情况不被人们注意，但对于荒漠地区的固沙造林工作确有破坏，对草场等的破坏也不可轻视。流行病学资料显示该鼠同灰仓鼠相似，对鼠疫有较高的抗性，实验条件下，有70%个体不感染鼠疫。但仍有个别鼠体感染疾病，而且该鼠体外寄生的蚤类繁多。内蒙古地方病研究所在该鼠身中检出蚤类27种之多，所以也应加强防范。自然界天敌主要有狐、鼬、鸮、蛇等脊椎动物。

分类讨论 1850年由Εверсманн将采自哈萨克斯坦北部的仓鼠鉴定为 Cricetulusphaeus。 后来 Brandt (1859)依据这些标本沾褐色的毛色和短的尾长等特征将其描记为新种 Cricetus eversmanni。
前苏联学者在研究仓鼠分类中，将 C. eversmanni、C. curtatus 和 C. beljawi 三种划为一个新亚属 Allocricetulus (Αргиропуло，1933)，Громов(1963)将此亚属独立为属，有 A. eversmanni 和 A. curtatus 两种。显然将毛长与体长之比大于20%—30%以上各种定为 Cricetulus 属，而小于20%—30%以下的订立新属，仅此一个特征，是不够充分的。从体型、毛色、牙齿、生活习性等各方面看，短尾仓鼠确应为 Cricetulus 属。Allocricetulus 为尾长较短类群的一个亚属是可以的，但另立一属不够条件。短尾仓鼠的亚种已经报道有6个亚种名。C. e. eversmanni、C. e. curtatu、C. e. microdon、C. e. beljawi、C. e. beljaevi 和 C. e. belajevi。其中很显然 C.e. beljaevi 和 C. e. belajevi 是 C. e. beljawi 亚种名的不同拼写形式。Ellerman 等(1951)只承认了4个亚种，将beljaevi和belajevi归并入beljawi。Corbet(1978)将curtatus 独立为种，其他亚种合并，只承认了两个亚种，即指名亚种 eversmanni 和哈萨克亚种 beljawi。 前者包括 microdon，后者同意 Ellerman 的归并。现在指名亚种和哈萨克亚种的分类已被各国学者接受，但关于 curtatus 的地位仍有争论。
curtatus 是Allen 1925年根据采自内蒙古的标本定名的灰仓鼠一个亚种，以后又由φормозов(1933)将其独立为种。但在1940年作者本人又将其归入短尾仓鼠作为一个亚种。主要依据很短尾巴和尾基的长毛，以及头骨吻鼻部狭长和颧弓的宽阔等。从我们查看的标本，采自内蒙古和甘肃的短尾仓鼠确实不同于本地区的灰仓鼠，有明显的差异，而且同新疆西北部的短尾仓鼠标本也很相似，所以可认为是短尾仓鼠的一个亚种。但是Громов的研究指出，curtatus 和eversmanni 在染色体组型结构方面存有差异，应为两个不同种，而不应将 curtatus 作为 eversmanni 的一个亚种。目前，国内还未见到有关于 curtatus 和eversmanni的染色体研究报道，无法与前人的工作进行比较，也无法同模式产地的eversmanni对照，curtatus 的种级分类尚无法肯定。 Felin(1966)、Corbet(1978)和Weller(1983)接受了Громов的观点，承认 curtatus 和 eversmanni是二个独立种。但更多的学者则认为是一个种。马勇(1981、1987)、王思博(1983)等在研究新疆啮齿动物中，也涉及到二者，且均按同种处理，并明确将二者视为二个亚种，承认curtatus是eversmanni的一个亚种。本次我们也仍按马勇等意见处理。新疆西北部地区标本从地理分布更加接近 beljawi 模式产地斋桑盆地，也不同于内蒙古亚种 curtatus，因此应该属哈萨克亚种 beljawi。因此国内短尾仓鼠除指名亚种没有分布，其他两亚种均有分布，分别为哈萨克亚种 C. e. beljawi 和内蒙古亚种 C. e.curtatus，二者在新疆西北部被古尔班通古特沙漠分开。

短尾仓鼠的分亚种检索

头背毛色一致，黄揭色较重，胸部具一块淡黄色块斑……哈萨克亚种 Cricetulus eversmannoi beljawi
头背毛色略有差异，背毛灰黄褐色，胸部不具淡黄色块斑……………………内蒙古亚种 C. e. curtatus